本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。 故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离…

东京武侦高校，是培育行使武力的侦探——通称“武侦”的特殊教育机关。那里有着被称作“战姐妹”的前辈后辈一对一长期训练制度。在与憧憬的最强武侦亚里亚前辈结下了战姐妹契约后，吊车尾的最弱武侦明里，用她那小小的手拿起了枪。